El Programa de Maestría en Ciencias de la Salud (PMCS) es un programa con orientación en investigación, de tiempo completo, que cuenta con dos áreas terminales que diferencian la formación de los estudiantes que desean dedicarse al área básica (Biomedicina Celular y Molecular), de los que se dedican al área clínica (Fisiopatología Clínica y Experimental). Los estudiantes de este programa son egresados de licenciaturas diversas del área de la salud y algunas otras afines, lo que hace que el programa tenga un carácter interdisciplinario muy interesante.

Los egresados del el Programa de Maestría en Ciencias de la Salud se han incorporado de manera exitosa al mercado laboral, docente y de investigación y de servicios en el área de la Salud en instituciones como la UMSNH, la UVAQ, la UdeM, la UNLA, la Universidad Marista Valladolid, el IMSS y la Secretaría de Salud de Michoacán. Varios egresados han sido aceptados en programas de doctorado pertenecientes SNP CONACYT tanto en Michoacán como en otros estados de la república.

Este año, 2022, el PMCS festejó el 15° aniversario de su creación y desde su creación ha formado parte del Sistema Nacional de Posgrados del CONACYT (antes Padrón Nacional de Posgrados de Calidad).